Pośmiertnie został awansowany do stopnia pułkownika US Air Force.
Odznaczenia i nagrody Air Force Meritorious Service Medal Air Force Commendation Medal Air Force Outstanding Unit Award Air Force Organizational Excellence Award National Defense Service Medal NASA Space Flight Medal – dwukrotnie Congressional Space Medal of Honor – pośmiertnie Universal Astronaut Insignia za lot orbitalny (nr 157, pośmiertnie) – Stowarzyszenie Uczestników Lotów Kosmicznych ()
Pamięć Jego nazwisko otrzymała jedna z planetoid okrążających Słońce, odkryta w 1984. Studenci Szkoły Pilotów Doświadczalnych Sił Powietrznych przyznają corocznie Onizuka Prop Wash Award. Wyróżnienie otrzymuje absolwent, który znacząco zasłużył się w dziele kształtowania ducha i wysokiego morale swojej grupy rocznikowej. W styczniu 2017 roku, jego imieniem nazwano lotnisko Kona International Airport (KOA). Obecnie to: Ellison Onizuka Kona International Airport Loty kosmiczne, w których uczestniczył Ellison S.