Okres okupacji niemieckiej (1939–1945) 1 września 1939 r. wybuchła II wojna światowa. 3 września artyleria niemiecka ostrzelała Chełmek. W wyniku tej akcji spaleniu uległo 26 domów i 20 zabudowań gospodarskich w najstarszej części Chełmka, która leżała u podnóża Skały. W czasie walk o Chełmek zginęło 17 polskich żołnierzy. W sumie w wojnie wzięło udział 57 mieszkańców, z których 10 zginęło. Niemcy zajęli dla siebie najlepsze mieszkania. Kierownictwo fabryki przejął komisaryczny zarząd. Zaczęły się aresztowania, wywożenie na przymusowe roboty i do obozów koncentracyjnych. Z Chełmka wywieziono do obozów 55 osób, z czego 35 już nigdy nie wróciło. W fabryce wprowadzono bezwzględny rygor i 10-godzinny dzień pracy. Wiosną 1940 r. Niemcy w nocy zburzyli pomnik grunwaldzki, który został wybudowany przez mieszkańców Chełmka. W tym też roku okupanci zaczęli pierwsze wywożenia Żydów do getta i Auschwitz-Birkenau. Z Chełmka wywiezionych zostało 35 Żydów, z których wojnę przeżyło tylko 4 lub 5. Chełmek został wcielony do Rzeszy. W tym czasie zaczęły powstawać organizacje podziemne. W październiku 1942 r. został w Chełmku założony podobóz tzw. Aussenkommando Chełmek podległe KL Auschwitz. Do 9 grudnia 1942 r. zginęło tu 47 ludzi (w miejscu tym w 1969 r. powstał pomnik ku ich czci). 10 grudnia 1944 r. oddział Armii Ludowejim.