Wykładał tam teologię dogmatyczną i przez rok pełnił funkcję rektora.
1 czerwca 1819 archimandryta Filaret został wyświęcony na biskupa kałuskiego i borowskiego. Jako zwierzchnik tejże eparchii duchowny zwracał szczególną uwagę na głoszone w cerkwiach kazania; jego własne homilie cieszyły się znaczną popularnością. Angażował się również w budowę nowych świątyń, w szczególności wznoszenie murowanych cerkwi na miejscu starszych, drewnianych (w okresie zarządzania przez niego eparchią powstało ich 25). Duchowny wspierał również rozwój monasterów eparchii oraz seminarium duchownego w Kałudze.
12 stycznia 1825 został przeniesiony do eparchii riazańskiej. 22 sierpnia 1826 otrzymał godność arcybiskupa. Już 25 lutego 1828 skierowano go do eparchii kazańskiej. Ponownie zaangażował się w niej w budowę nowych świątyń i poprawę poziomu głoszonych kazań. Zajmował się działalnością misyjną wśród żyjących na terytorium eparchii staroobrzędowców. W roku 1836 przeniesiony na katedrę jarosławską i rostowską. W 1837, po przyjeździe do Petersburga na obrady Świątobliwego Synodu Rządzącego, dowiedział się o nominacji na katedrę kijowską i halicką. Eparchią tą kierował przez dwadzieścia lat, do końca życia.