Pierwszy naukowy opis honkenii sporządził Karol Linneusz, który włączył ten gatunek do rodzaju Arenaria. W odrębny rodzaj wyłączył tę roślinę Jakob Friedrich Ehrhart w 1788, jednak do połowy XX wieku trwały dyskusje o jej pozycji systematycznej (w tym proponowano zaliczenie jej do rodzaju Minuartia). Mocnego argumentu za potrzebą wyodrębnienia honkenii w randze rodzaju dostarczyły dopiero badania nad jej kariotypem w latach 50. XX wieku.
Honkenia piaskowa to takson bardzo polimorficzny. W przeszłości opisywano z różnych części zasięgu rozmaite gatunki honkenii lub podgatunki i odmiany. Od przełomu XX i XXI wieku wyróżnia się już zwykle tylko jeden gatunek w obrębie monotypowego rodzaju z 4 podgatunkami: Honckenya peploides subsp. peploides – podgatunek nominatywny, występuje wzdłuż wybrzeży europejskich. Tego taksonu dotyczy opis ogólny. Honckenya peploides subsp. robusta (Fernald) Hultén, Fl. Alaska Yukon. 4: 677. 1944 – rośnie na wybrzeżach Ameryki Północnej. Wyróżnia się bardzo tęgim pokrojem – łodygi mają 3–6 mm średnicy, płożą się i słabo podnoszą, szypułki kwiatowe mają tylko 2–3 mm długości. Honckenya peploides subsp. diffusa (Hornemann) Hultén ex V. V. Petrovsky in A. I. Tolmatchew, Fl. Arct. URSS. 6: 71. 1971 (syn.: var.