Taki sposób przygotowania do kapłaństwa, zwłaszcza w okresie reformacji, pozostawiał wiele do życzenia i był powodem słabego wykształcenia teologicznego i formacji duchowo-moralnej.
W ramach odnowy Kościoła, będącej reakcją na reformację, wśród wielu znaczących dokumentów doktrynalnych i prawnych Soboru trydenckiego znajduje się dekret uchwalony na XXIII sesji w dniu 15 lipca 1563 roku, który zobowiązywał biskupów do tworzenia w ich diecezjach seminariów dla kształcenia prezbiterów. Seminaria duchowne stały się jednym z ważniejszych czynników odnowy Kościoła. Pionierem tworzenia seminariów był święty Wincenty à Paulo (1581–1660).
Odnowa Soboru watykańskiego II Odnową seminariów duchownych w XX w. zajął się Sobór watykański II, poświęcając jej osobny dekret Optatam Totius (28 października 1965 r.). Według kard. Gabriela-Marie Garrone'a, prefekta Kongregacji ds. Edukacji Katolickiej, reforma seminariów rozpoczęła się w kontekście ogólnie postrzeganego w latach 60.