Autor licznych rozpraw na tematy historii religii, historii idei, kultury politycznej i współczesnej polityki rosyjskiej. Jeden z autorów doktryny społecznej Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej, przyjętej na soborze w roku 2000. Koordynator społecznego komitetu „Ciągłość i odrodzenie Rosji”. Redaktor dwutomowej pozycji Historia Rosji. XX wiek (История России. XX век, wydanie pierwsze 2009). Od 2003 r. członek Ludowo-Pracowniczego Związku Solidarystów Rosyjskich (NTS), w latach 2006–2008 przewodniczący Biura Wykonawczego NTS. Nie był nigdy członkiem KPZR.
Andriej Zubow krytycznie wypowiadał się o rosyjskiej aneksji Krymu. 1 marca 2014 na łamach dziennika Wiedomosti opublikował artykuł „To już było”, w którym przyłączenie Krymu do Rosji porównał do anszlusu Austrii przez HitleraInformacja na onet.pl.. Po tej publikacji został zwolniony z pracy w MGIMO (początkowo w trybie administracyjnym, który okazał się zastosowany niezgodnie z przepisami prawa, następnie po dwu miesiącach nie przedłużono mu umowy o pracę oskarżając o nielojalność na stronie uczelni)Informacja w serwisie WP.PL.. W 2016 kandydował w wyborach do Dumy z poparciem partii PARNAS. Obecnie jest zastępcą przewodniczącego tejże partii, którym jest Michaił Kasjanow.