W styczniu 1945 roku ostatni prałat (ks. Franz Hartz) uciekł w głąb Niemiec do Demmin. Zmarł w 1953 roku w Hüls koło Krefeld. Przegranie przez Niemcy II wojny światowej doprowadziło do kolejnych zmian terytorialnych w tej części Europy i przesunięcia granicy polsko-niemieckiej na zachód na Odrę i Nysę ŁużyckąHistoria w datach, op. cit., s. 355.. W rezultacie obszar prałatury znalazł się w całości na terytorium Polski. Pomimo tego w 1953 i 1964 roku obradował poza jej granicami w Niemczech konsystorz, którego ważność w obu przypadkach była potwierdzana przez Stolicę Apostolską.
Bezpośrednio w maju 1945 roku działalność na terytorium prałatury zaczęła polska administracja państwowa, a wraz z nią administracja kościelna. 1 sierpnia 1945 roku kard. August Hlond, Prymas Polski ustanowił ks. Edmunda Nowickiego administratorem apostolskim dla polskiej części diecezji berlińskiej i prałatury pilskiej ze stolicą w Gorzowie Wielkopolskim. W 1972 roku na mocy bulli Episcoporum Poloniae coetus papieża Pawła VI obszar dawnej prałatury został podzielony między nowo powstałe diecezję gorzowską i koszalińsko-kołobrzeską.
Podział administracyjny W skład niezależnej prałatury pilskiej wchodziły 74 parafie zgrupowane w 8 dekanatach:
Piła Babimost Człuchów Lębork–Bytów Pszczew Wałcz Wschowa Złotów