Historia Z XV w. pochodzą pierwsze przekazy o istnieniu organów w katedrze Najświętszej Marii Panny we Fryburgu Bryzgowijskim. Były one umieszczone przy północnej ścianie nawy głównej. W latach 1545–1548 pojawiły się w tym miejscu nowe organy, zbudowane przez Jörga Eberta z Ravensburga. Obudowa i część zestawu piszczałek z tych organów istniała do 1929.
W lektorium, które oddzielało nawę główną od prezbiterium stał pozytyw. Pod koniec XVI w. potwierdzona jest obecność organów w prezbiterium, przebudowanych w latach 1708 i 1813 oraz 1881 przez zakład organmistrzowski E.F. Walcker z Ludwigsburga. Instrument ten usunięto w latach 60. XX w..
Podczas obchodów tradycyjnych niemieckich Dni Katolika (Katholikentag) w 1929 zamontowano duże organy gruntownie przebudowując i powiększając w tym celu istniejącą obudowę w nawie głównej. Obudowa ta zajęła znaczną część nawy. W 1936 przebudowano organy powracając do koncepcji sprzed 1929.