O. Koser został wybrany wikariuszem generalnym franciszkanów przez zarząd zakonu 3 listopada 1965. Piastujący urząd generała o. Sépinski wybrany został nuncjuszem apostolskim. Jako wikariusz generalny o. Koser uczestniczył w obradach czwartej sesji Soboru Watykańskiego II. Podczas kapituły generalnej w maju 1967 w Asyżu o. Koser wybrany został generałem.
Będąc generałem uczestniczył w obradach synodów biskupów w 1967, 1974 oraz 1977. Przewodniczył dwu zwołanym przez siebie nadzwyczajnym kapitułom generalnym w 1971 w Medellín w Kolumbii oraz w 1976 w Asyżu. Jako wysłannik papieża uczestniczył w Międzynarodowej Konferencji Episkopatów Ameryki Łacińskiej w Puebla w Meksyku w 1979. Z jego inicjatywy zaczęto wydawać w Rzymie wewnętrzne czasopismo informacyjne Zakonu Braci Mniejszych "Fraternitas".
W 1979, po wyborze o. John Vaughn OFM na generała podczas kapituły generalnej w Asyżu, o. Koser powrócił do Brazylii. Zamieszkał w Petrópolis, gdzie poświęcił się pracy dydaktycznej i duszpasterstwem żeńskich zgromadzeń zakonnych. Organizował międzynarodowe kapituły tych zgromadzeń.
O. Koser jest autorem licznych publikacji. Nieopublikowanych jest blisko 15000 stron maszynopisów, zawierających pamiętniki, owoce medytacji i refleksji teologicznych. Zakonnik otrzymał cztery doktoraty honoris causa.