Nad grobem świętego została wybudowana bazylika Sant’Apollinare in Classe, ufundowana w VI wieku przez bankiera Juliusza, a konsekrowana w 549 przez biskupa św. Maksymiana (zm. 556). W połowie IX wieku jego relikwie przeniesiono do innego kościoła w Rawennie, do bazyliki Sant’Apollinare Nuovo. Również w Rzymie znajduje się bazylika pod wezwaniem świętego, gdzie znajduje się jego ręka. Apolinary cieszył się powszechnym kultem zarówno w Europie (m.in. Mediolan, Dijon, Reims, Gorkum, Obermichelbach) jak i w Polsce, jednak jako biskup z Reims.
Jest patronem miast: Rawenny, Remagen i Düsseldorf u oraz artystów igły. Jest również orędownikiem przeciw kamicy nerkowej i żółciowej, dnie moczanowej, chorobom wenerycznym oraz padaczce.
Jego wspomnienie liturgiczne w Kościele katolickim obchodzone jest 20 lub 23 lipca.
W Kościele prawosławnym i ormiańskim, z uwagi na liturgię według kalendarza juliańskiego, wspomnienie męczennika obchodzone jest za Passio 23 lipca/5 sierpniapodwójne datowanie, tj. 5 sierpnia według kalendarza gregoriańskiego.
W ikonografii św. Apolinary przedstawiany jest w jasnych (najczęściej żółtych) biskupich szatach z zamkniętą Ewangelią w dłoniach.