Już jednak w 1573 przedstawiciel bocznej linii Hohenzollernów Jerzy Fryderyk von Ansbach, powołując się na postanowienia traktatu krakowskiego, zażądał przekazania mu kurateli nad chorym umysłowo księciem pruskim Albrechtem Fryderykiem. W latach 1578–1618 w Prusach Książęcych rządzili faktycznie regenci, a strona polska nie chciała się zgodzić na przejście tego lenna we władanie brandenburskiej linii Hohenzollernów.
W 1603 kuratelę tę przejął Joachim Fryderyk Hohenzollern, co Zygmunt III Waza potwierdził 11 maja 1605. W 1609 regencję przejął Jan Zygmunt Hohenzollern. Dopiero w 1611, wynagradzając wsparcie jakiego udzielili Hohenzollernowie Rzeczypospolitej w wojnie polsko-rosyjskiej 1609–1618, Zygmunt III zgodził się na formalne złożenie hołdu przez margrabiego brandenburskiego.
Margrabia Jerzy Wilhelm Hohenzollern złożył homagium w 1621 roku, a jego syn, Fryderyk Wilhelm w 1641 roku. Był to ostatni hołd pruski, ponieważ Prusy Książęce odpadły od Rzeczypospolitej w 1657, w wyniku podpisania traktatów welawsko-bydgoski.
System monetarny Likwidacja państwa zakonnego w 1525 r. nie zakończyła produkcji menniczej w Prusach.