Przez trzy lata zbór prowadził działalność w „podziemiu”.
Włączenie do Zjednoczonego Kościoła Ewangelicznego mały|Kamienica Pinocińska przy Rynku Głównym, gdzie w latach 1961–1970 mieściła się kaplica zboru mały|Kamienica przy ul. Gołębiej 6, siedziba zboru w latach 1970–1976 W czerwcu 1953 roku wraz z całym ugrupowaniem Chrześcijan Wiary Ewangelicznej, krakowski Zbór przyłączył się do Zjednoczonego Kościoła Ewangelicznego, który powstał z wymuszonego przez władze komunistyczne połączenia się pięciu ewangelikalnych kościołów. W nowej sytuacji wierni znowu mogli zgromadzać się w kaplicy przy ul. Kościuszki 55. Wspólna działalność trwała trzy lata, jednak potem znowu nastąpił okres samodzielnej pracy. Ta samodzielność ponownie skomplikowała jego sytuację prawną, gdyż Zbór znowu działał nielegalnie. W 1956 roku liczył 35 członków, prócz sympatyków i dzieci. W czasie nielegalnej działalności nabożeństwa odbywały się w prywatnych domach, najczęściej w mieszkaniu Marii Wyżgowej i Zofii Kuberskiej, przy ul. Estery 5 oraz w mieszkaniu przy ul. Malczewskiego.