Budynek więzienia nie ucierpiał podczas II wojny światowej i po wyzwoleniu Brzegu, w lutym 1945 roku, zakład karny zaczął na nowo funkcjonować. Dwa miesiące później w brzeskim zakładzie karę pozbawienia wolności odbywało 150. niemieckich nacjonalistów. Rok później w więzieniu przebywali Niemcy, skazani m.in. za zbrodnie wojenne, oraz Polacy, m.in. członkowie grupy Wolność i Niezawisłość, skazani za podziemną działalność antykomunistyczną. Byli oni poddawani długotrwałym przesłuchaniom, w których niejednokrotnie stosowane były tortury. Osadzeni brali również udział w odgruzowywaniu i odbudowie Brzegu.
W 1969 r. dokonano remontu muru więziennego oraz przebudowano wieże.
Do 1964 r. w brzeskim zakładzie karnym przebywały kobiety. Więźniarki były zatrudnione w przywięziennym zakładzie, gdzie szyły odzież roboczą oraz więzienną. Od lat 60. do pierwszej połowy lat 80. XX w. osadzeni mogli kształcić się w zawodzie szwacza i murarza-tynkarza w Podstawowym Studium Zawodowym. Do 2000 r. przy ZK Brzeg istniało Gospodarstwo Pomocnicze, które zostało