Według legendy przekazanej przez Arbeo, Uta (lub Ota), córka księcia, wyznała Emmeramowi, że oczekuje nieślubnego dziecka. Według Arbeo ojcem miał być Sigipaldus z dworu jej ojca. Kierowany współczuciem Emmeram polecił księżniczce by rozgłosiła, że on jest ojcem dziecka, co miało zmniejszyć jej hańbę, gdyż był człowiekiem powszechnie szanowanym. Wkrótce potem Emmeram udał się w pielgrzymkę do Rzymu. Kiedy książę Theodo i jego syn Lantpert dowiedzieli się o ciąży Uty, udali się w pogoń za biskupem. Lantpert dopadł go w Helfendorfie (obecnie część dzielnicy Aying w Monachium). Po złapaniu Emmeram został przywiązany do drabiny, poddany torturom, a następnie pocięty na kawałki. Według niektórych źródeł Emmeram po torturach był wciąż żywy i został znaleziony przez swoich kompanów Vitalisa i Wolflete w kałuży krwi. Próbowali oni zabrać ciało biskupa do Aschheim, gdzie w owym czasie stał kościół św. Piotra, w którym Emmeram dokonał żywota.
W związku z zabójstwem Emmerama, uchwalono w Bawarii prawo, mówiące, że mordercy biskupów muszą odpokutować swój czyn poprzez wypełnienie złotem naczynia ołowianego odlanego na wzór szaty biskupiej.