Najczęściej stosowanym progestagenem w leczeniu endometriozy jest octan medroksyprogesteronu. Jego dawka początkowa w złagodzeniu dolegliwości bólowych została określona na 30 mg na dzień, z dalszym wzrostem w zależności od objawów klinicznych, zwłaszcza utrzymywania się krwawienia.
Redukcję bólu osiągnięto również poprzez stosowanie 60 mg dydrogesteronu w fazie lutealnej. Korzystny efekt leczenia utrzymywał się jeszcze przez 12 miesięcy. Inne progestageny, jak desogestrel, obecnie są postrzegane jako leczenie alternatywne.
Działania niepożądane progestagenów obejmują wymioty, przyrost masy ciała, retencję płynów i acykliczne krwawienia. Te ostatnie są częstym objawem, chociaż łatwym do skorygowania poprzez zastosowanie krótkotrwałej terapii (7 dni) estrogenami. U 1% pacjentek stosujących progestageny występuje depresja i inne zaburzenia nastroju.
W badaniach nad miejscowym stosowaniem progestagenów w postaci kształtki uwalniającej lewonorgestrel u kobiet z dysmenorrhoeą po 12 miesiącach leczenia wykazano istotną redukcję bólu podczas miesiączki i współżycia oraz wysoki stopień satysfakcji pacjentki, a także istotną redukcję endometrialnych