Zorganizowano specjalne piekarnie, zaopatrujące robotników w chleb, prowadzono hodowlę bydła rzeźnego oraz uruchomiono prowizoryczne lazarety z uwagi na znaczną zachorowalność i śmiertelność (febra, czerwonka, przeziębienia) zatrudnionych przy budowie kanału, której przyczyną były fatalne warunki sanitarne i ciężka fizyczna praca w trudnych warunkach.

Budowa kanału trwała zaledwie 18 miesięcy i została zakończona we wrześniu 1774 r. Zbiegło się to z końcem kariery zawodowej Brenckenhoffa. Jeszcze w lipcu 1774 r. doznał on poważnego krwotoku, który nadwerężył stan jego zdrowia. W tej sytuacji Fryderyk II przekazał jego obowiązki nadprezydentowi Prowincji Prusy Zachodnie, Johannowi von Domhardtowi. Ostateczne zwolnienie Brenckenhoffa z administracji Obwodu Nadnoteckiego nastąpiło w 1775 r. Wraz z jego odejściem pojawiły się zarzuty zbyt rozrzutnego gospodarowania pieniędzmi m.in. nadmiernych kosztów budowy kanału. Wiadomo jednak, iż z prywatnych pieniędzy zmuszony był pokrywać wydatki z tytułu wynagrodzenia robotników. Nie przeszkadzało to jednak w zgłaszaniu pod jego adresem rozmaitych roszczeń pieniężnych, co doprowadziło do utraty przez niego części osobistego majątku. Dodatkowym ciosem był list króla z marca 1780 r., zarzucający mu niezgodność rachunków i zamiar przeprowadzenia rewizji finansowej.