Ekspozycje W Podziemiach znajduje się zarówno stała, jak i czasowa ekspozycja. Stałą ekspozycję, zatytułowaną Śladem europejskiej tożsamości Krakowa, udostępniono 3 dni po otwarciu muzeum, tj. 27 września 2010. Jest to multimedialne widowisko – podróż w czasie, w której można poczuć atmosferę panującą na średniowiecznym rynku. W czasie zwiedzania turystom towarzyszą odgłosy gwaru targu albo też płonących zabudowań. Wykorzystano liczne nowoczesne techniki multimedialne, np. urządzenia holograficzne do prezentacji rekonstrukcji budynków, mające stworzyć w muzeum atmosferę pozwalającą wczuć się w Kraków sprzed siedmiuset lat. Poza zwykłymi eksponatami, około sześciuset modeli można zobaczyć w trójwymiarze na jednym z 37 ekranów dotykowych. Na terenie muzeum znajduje się też ekran z pary wodnej oraz kilkadziesiąt wyświetlaczy i projektorów.