Jakość wód Ze względu na fakt, iż w zlewni Sekwany znajduje się 40% francuskich zakładów przemysłowych, zaś wzdłuż 66% długości samej rzeki znajdują się tereny uprawne – liczba potencjalnych źródeł zanieczyszczeń jest znaczna. Wskutek tego, już w latach 60. XX w. rzekę ogłoszono „biologicznie martwą”; w latach 70. XX wieku w rzece żyły jedynie 3 gatunki ryb.
Stan wód dodatkowo pogarszają okresowe przepływy nieoczyszczonych ścieków paryskich – dochodzi do tego na przykład w sytuacji, gdy system ponad 2 tys. km podparyskich tuneli, korytarzy i kanałów zalewają długotrwałe ulewy. Następują podtopienia i przelanie kanalizacji do rzeki. Te i inne mechanizmy (np. obecność szczurów w kanalizacji i na brzegach rzeki) powodują wysoki poziom zagrożenia mikrobiologicznego np. bakteriami Coli, enterokokami, paciorkowcami czy krętkami odzwierzęcymi.