Przeciwko buntownikom ruszyła carska armia księcia Michała Skopin Szujskiego, która pokonała rebeliantów 14 grudnia 1606 roku w bitwie pod Kotłami, a następnie rozbiła ostatecznie ich siły 20 października 1607 roku pod Tułą.
Mimo rozbicia powstania w szeregach dawnej armii ludowej Bołotnikowa zaczęli pojawiać się uzurpatorzy głoszący, że są synami Fiodora I Iwanowicza lub Iwana IV Groźnego. Najbardziej niebezpieczny dla władzy Wasyla IV okazał się być wykreowany przez Mikołaja Mieleckiego w 1607 roku w Starodubie Dymitr Samozwaniec II. Zgromadził on wokół siebie grupę bojarstwa niechętnego władzy Szujskich na Kremlu oraz resztki oddziałów polskiej i litewskiej szlachty ocalałej z pogromu otoczenia Dymitra I. Opanował większą część Rosji, pokonał lub zgładził innych pretendentów do tronu. W 1608 roku Dymitr II poślubił potajemnie carycę Marynę Mniszchównę, założył obóz warowny w Tuszynie, rozpoczął blokadę Moskwy i prowadził regularną wojnę z oddziałami carskimi w latach 1608–1610.