Najprawdopodobniej był sądzony dwukrotnie: w pierwszym procesie został skazany na 5 lat katorgi, mimo amnestii przewidzianej dla tych, którzy dobrowolnie oddali się w ręce władz, a w drugim, odbytym już po mianowaniu Murawiowa generał-gubernatorem Litwy, co nastąpiło dniu 1 maja 1863 roku, w wyniku wniesionej przez niego rewizji sąd wojskowy skazał Iszorę na śmierć przez rozstrzelanie. Murawiow zatwierdził wyrok 28 maja, w dwa dni po swoim przyjeździe do Wilna. Wyrok wykonano 3 czerwca 1863. „Kiedy ksiądz Stanisław Iszora stanął obok słupa, odczytano mu pośród grobowej ciszy wyrok śmierci, skazujący go na rozstrzelanie. – Bogu dzięki! – rzekł śmiało – a wam przebaczam z całego serca – przeżegnał się, potem z uśmiechem lud cały ręką pożegnał, a potem zawołał głośno na obok stojących oprawców: – W imię Boże! Jestem gotów!” – pisał ks. Władysław Czencz w relacji Pierwsza ofiara Murawiewa.
Murawiow tak pisze o tym w swoich pamiętnikach: Pragnąc dowieść Polakom, że rząd ich się nie obawia, zająłem się niezwłocznie rozpatrzeniem wyroków na ważniejszych przestępców… Zacząłem od księży, jako głównych działaczy buntu;