Południowa część wyspy jest wybitnie nizinna.
Wyspa cechuje się umiarkowanie rozwiniętą linią brzegową, gdzie występują niewielkie łagodne zatoki i niezbyt zaznaczające się na mapie półwyspy. Wybrzeże jest niskie, przeważnie skaliste i kamieniste. Występują też odcinki plażowe, oraz niewielkie fragmenty klifów. Około 1 km na zachód od Bonaire leży niewielka, płaska wysepka Klein.
thumb|260px|left|Wybrzeże Bonaire
Klimat Leżąca w strefie klimatu podrównikowego wyspa, cechuje się jego suchą odmianą. Przyczyną tego faktu jest północno-wschodni pasat, który traci wilgoć i po dotarciu nad region wyspy jest wiatrem suchym. Klimat jest uwarunkowany działaniem okołorównikowych prądów morskich.
Temperatury są wysokie, typowe dla regionów klimatu okołorównikowego. W półroczu zimowym średnie wartości wynoszą 22 °C, latem średnie temperatura wynosi 30-32 °C. Występują niewielkie wahania temperatur dobowych.
Opady są niskie, a przyczyną tą są docierające w suchej postaci pasaty. Toteż w okresie letnim występuje pora sucha, zaś największe opady mają miejsce zimą. Średnia roczna opadowa wynosi 512 mm. Region wyspy leży daleko od strefy przemieszczania się niszczycielskich huraganów.
thumb|310px|Sucholubna roślinność wyspy