Na zdjęciu z 1973 uwieczniono, jak wspólnie z prowadzącym później działalność terrorystyczną Hansem-Joachimem Kleinem dopuścił się pobicia funkcjonariusza policji. W maju 1976 wziął udział w nielegalnej demonstracji zorganizowanej po śmierci terrorystki Ulrike Meinhof. W jej trakcie na skutek użycia butelki zapalającej ciężko poparzony został policjant Jürgen Weber. Joschka Fischer został zatrzymany, jednak zwolniono go po dwóch dniach bez przedstawienia zarzutów. Sam zaprzeczał, by używał bądź zatwierdzał użycie koktajli Mołotowa. Zarzucano mu jednak, że dzień przed starciem uczestniczył w spotkaniu organizacyjnym, na którym dopuszczono wykorzystanie przeciwko policji butelek zapalających.
W międzyczasie w 1971 został zatrudniony w fabryce Opla w Rüsselsheim am Main, zwolniono go po pół roku z uwagi na prowadzenie wśród robotników agitacji politycznej. Pod koniec lat 70. zaczął stopniowo odżegnywać się od politycznego radykalizmu i przemocy. Twierdził, że punktem zwrotnym dla niego było porwanie i zamordowanie przez członków RAF Hannsa Martina Schleyera. Pracował jako taksówkarz i sprzedawca książek w antykwariacie „Karl Marx”.