Jedna z krewnych z gałęzi Medina Sidonia, Doña Luiza Francisca de Guzmán, była w XVII wieku królową Portugalii jako małżonka Jana IV. Rodzina Portocarrero de Montijo pochodziła pierwotnie z Genui, należał do niej pierwszy doża Republiki Genueńskiej, Szymon I Boccanera (1339–1344), którego syn Szymon II Boccanera piastował ten sam urząd w latach 1356–1363.
Eugenia urodziła się jako druga córka Dona Cypriana Palafox de Guzmán y Portocarrero, młodszego syna granda Hiszpanii hrabiego de Teba, i Marii Manueli Kirkpatrick, córki konsula USA w Maladze Williama Kirkpatricka of Closeburn, szlacheckiego pochodzenia szkockiego, hurtownika winami hiszpańskimi. Ojciec Cyprian (1785–1839), drugi i niezbyt bogaty syn możnego ziemianina, zwolennik Bonapartów, m.in. oficer armii króla Józefa Bonaparte, służył w roku 1814 w armii napoleońskiej jako pułkownik artylerii i brał udział w obronie Paryża. Po powrocie do Hiszpanii został aresztowany i uwięziony na rozkaz króla Ferdynanda VII. Jak córka go określa we wspomnieniach, „był człowiekiem o liberalnych poglądach, energicznym i interesującym się kulturą, zawsze gotowym pomagać innym”. Na skutek odniesionych obrażeń w wojnach napoleońskich stracił lewą rękę i oko. Po klęsce Napoleona żył na wygnaniu. Powrócił do Hiszpanii po amnestii dla bonapartystów ogłoszonej przez króla Ferdynanda VII.