20 marca 1851 r. przeniósł się do Bydgoszczy i zatrudniony został jako dyrektor nowo powstałej średniej Szkoły Realnej. Formalne przyznanie mu tytułu dyrektora szkoły nastąpiło kilka lat później, 12 kwietnia 1856 r. Funkcję tę pełnił przez 35 lat. Przypadło mu w udziale zorganizowanie szkoły, określenie profilu nauczania, a także wypracowanie jej pozycji wśród innych szkół w mieście.

Uroczyste otwarcie miejskiej szkoły realnej nastąpiło 23 maja 1851 r. Początkowo mieściła się w wynajętym budynku przy Wełnianym Rynku, następnie w budynku poklasztornym karmelitów, a od 1858 r. w nowo wzniesionym gmachu szkolnym przy ul. Grodzkiej.

Pod kierownictwem Gustawa Gerbera szkoła intensywnie rozwijała się. Zorganizowano bibliotekę nauczycielską, uczniowską oraz bibliotekę pomocniczą. Wypożyczano z niej podręczniki uczniom, których nie stać było na zakup własnych. W szkole funkcjonował dobrze wyposażony gabinet fizyczny i laboratorium chemiczne. Placówka dysponowała także pokaźnym zbiorem przyrodniczym, na który złożyły się preparaty botaniczne i zoologiczne, różnorodne modele anatomiczne oraz kolekcja skamielin i minerałów. Z biegiem lat rozszerzono znacznie programy nauczania i szkoła osiągnęła wysoki poziom kształcenia. W 1882 r.