W 1894 został prekonizowany biskupem diecezjalnym diecezji krakowskiej, który to urząd piastował od 1895. Ingres do katedry krakowskiej odbył 17 lutego 1895. 28 września 1901 założył nowe seminarium diecezjalne w Krakowie, a następnie zatroszczył się także o wzniesienie budynku przy ul. Podzamcze. Dokończył odnowę konserwatorską katedry wawelskiej (nie zrealizował projektu Akropolis wawelskiego Stanisława Wyspiańskiego), przerwał prace nad dekoracją skarbca katedralnego prowadzone przez Józefa Mehoffera. W 1908 koronował obraz Matki Bożej Bolesnej znajdujący się u oo. Franciszkanów. Odzyskał dla biskupstwa i odnowił kościół Benedyktynów w Tyńcu.
W 1901 odmówił zgody na katolicki pogrzeb pisarza Michała Bałuckiego, który w depresji popełnił samobójstwo. W tym samym roku, wizytując III Gimnazjum im. Króla Jana Sobieskiego w Krakowie, uznał przywitanie katechety gimnazjum, księdza Stanisława Puszeta, za niewystarczająco pokorne, i wykrzyknął: „Na kolana!”. Wydarzenie to odbiło się głośno w ówczesnej prasie, a także w literaturze pięknej (w Wyzwoleniu Wyspiańskiego). Wdał się w spór na temat obsady katedr Wydziału Teologicznego na Uniwersytecie Jagiellońskim. Mieszkańców Krakowa zbulwersował w 1909 odmową pochowania Juliusza Słowackiego w katedrze na Wawelu oraz odmową odprawienia mszy św. na Błoniach 15 lipca 1910 w 500.