W lutym 1907 roku stał się jedną z centralnych postaci skandalu obyczajowego, gdy na łamach czasopisma „Die Zukunft” Maximiliana Hardena zasugerowano, że Moltkego i Philipa Eulenburga łączy homoseksualny romans. Moltke najpierw wyzwał Hardena na pojedynek, a gdy ten odrzucił wyzwanie, wytoczył Hardenowi cywilny proces o zniesławienieUwe Schultz: Grosse Prozesse: Recht und Gerechtigkeit in der Geschichte. C.H.Beck, 2001 s. 283. Przeciwko Moltkemu zeznawali była żona Lili von Elbe, żołnierz o nazwisku Bollhardt i lekarz Magnus Hirschfeld. Ten ostatni, na podstawie zeznań byłej żony Moltkego orzekł, że ten prawdopodobnie jest homoseksualistą, nawet jeśli nie dowiedziono mu czynu sodomii. 29 października sąd uznał Moltkego za winnego z paragrafu 175 niemieckiego kodeksu karnego, a Hardena uniewinnił. Wyrok został jednak unieważniony ze względów proceduralnych, a Moltkemu zezwolono na wytoczenie procesu karnego o zniesławienie. Podczas kolejnego procesu okazało się, że Lili von Elbe leczy się na histerię, a Hirschfeld wycofał swoje poprzednie zeznaniaErwin J. Haeberle: Justitias zweischneidiges Schwert - Magnus Hirschfeld als Gutachter in der Eulenburg-Affäre W: Sexualität zwischen Medizin und Recht, hg. von Klaus M. Beier, Gustav Fischer Verlag, Stuttgart 1991, ss. 5-20.