Niziny występują też w dolinach rzek i przede wszystkim w dolnym biegu rzeki Lempa. thumb|320px|Rzeka Lempa
Klimat Salwador leży w strefie klimatu podrównikowego wilgotnego, gdzie na obszarze całego kraju występują dwie pory roku: deszczowa i sucha. Istotny wpływ na klimat nadbrzeżnej części Salwadoru mają prądy morskie.
Temperatury są wysokie, praktycznie przez cały rok, a w górach występuje piętrowość klimatyczna. Tereny nisko położone do wysokości 700 m n.p.m. to obszary gdzie występuje piętro gorące. W najcieplejszym okresie jakim jest lato wynoszą 25-27 °C, a w śródgórskich wyżynnych regionach kraju, to wartości rzędu 23-25 °C. Zimą na terenach nadbrzeżnych średnie wartości termiczne wynoszą 20-24 °C, zaś na wyżynach 18-20 °C. Inaczej jest w górach na wysokościach powyżej 1000 m n.p.m. występuje piętro umiarkowane. Średnie wartości termiczne w wyższych partiach gór wynoszą 12-15 °C, a zimą średnie wartości wynoszą poniżej 10 °C. Do częstych zjawisk w górach Salwadoru należą przymrozki, a nawet mrozy.