Poseł województw poznańskiego i kaliskiego na sejm 1529 rokuPosłowie ziemscy koronni 1493-1600, pod red. Ireny Kaniewskiej, Warszawa 2013, s. 72.. W 1529 r. posłował od sejmu walnego warszawskiego do króla na Litwę.
W 1530 r. był obecny na koronacji króla Zygmunta Augusta jako jeden z senatorów. W kolejnych latach uzyskał kolejne urzędy: w 1532 starostwo nakielskie, a w 1535 r. – człuchowskie. Od wiosny 1535 r. zabiegał u króla o uzyskanie chociaż części urzędów ojcowskich. Popierany przez biskupa Piotra Tomickiego otrzymał kasztelanię kaliską, a w roku następnym starostwo tucholskie, którym administrował od wielu lat. Z chwilą śmierci ojca w 1535 r. dodał do swych godności także starostwo bydgoskie.
Począwszy od 1538 r. rozpoczął karierę jako wojewoda, początkowo inowrocławski, od 28 czerwca 1540 r. brzesko-kujawski, a od 1542 r. łęczycki. Zmarł przed 27 grudnia 1545 r. Miejsce jego pochówku nie jest znane.
Rodzina Jan Janusz Kościelecki był żonaty dwa razy. Pierwszą małżonką była Katarzyna Pampowska (zw.