Dwa dni później, 18 lipca 1991, Falzmann zmarł na zawał serca, mając 37 lat.
W kilka miesięcy po jego śmierci – w przeddzień zapowiedzianego ogłoszenia w Sejmie raportu na temat FOZZ – w wypadku samochodowym pod Piotrkowem Trybunalskim zginęli najwyższy przełożony M. Falzmana – prezes NIK Walerian Pańko oraz dyrektor Biura Informacyjnego Kancelarii Sejmu RP Janusz Zaporowski. Siedząca z przodu żona prof. Pańki oraz kierowca z BOR służbowej Lancii Thema nie odnieśli większych obrażeń.
Pochowany na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 113-5-15).
thumb|Grób Michała Falzmanna na cmentarzu Powązkowskim
Upamiętnienie Michałowi Falzmannowi poświęcony jest film dokumentalny Jerzego Zalewskiego, Oszołom, wyemitowany 6 marca 1995 w TVP1. W 2021 roku TVP Info wyemitowała reportaż pt. „Holding” red. Marcin Tulicki, który poruszył m.in. aspekty związane z aferą FOZZ i śmiercią Michała Falzmanna.
Postanowieniem z dnia 11 lutego 2009, „za wybitne osiągnięcia w podejmowaniu działań z zakresu kontroli państwowej, za umacnianie praworządności”, został przez prezydenta Lecha Kaczyńskiego odznaczony pośmiertnie Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski. Jego imieniem nazwano ulicę na wrocławskim osiedlu PoświętneZumi – Wrocław, ul.