Po powrocie do domu, ojciec uznał Paula za niepoprawnego i 8 lutego 1889 roku wysłał go do poprawczaka. Po pięciu miesiącach ze względu na dobre zachowanie Johnson został zwolniony. Miał wówczas 16 lat, więc rząd stanowy wyznaczył mu kuratora do opieki.
Chrześcijaństwo 14 lipca 1889 roku Paul Johnson przyjął chrzest, po czym udał się do rodzinnego domu. Jednakże ojciec wyrzekł się go jako swego syna i wyprawił mu symboliczny pogrzeb.
Paul Johnson wyjechał do Allegheny, gdzie pod nadzorem kuratora rozpoczął pracę w sklepie z obuwiem. 8 września 1890 roku wstąpił na Uniwersytet Capitol w Columbus, Ohio, który ukończył w 1895 roku, otrzymując najwyższe stopnie w historii tego Uniwersytetu. Zaraz po tym wstąpił do Seminarium Teologicznego przy Kościele luterańskim, które ukończył 25 maja 1898 roku.
Johnson został pastorem w małym kościółku w Mars, w stanie Pensylwania, a następnie w Columbus, w stanie Ohio.
Badacze Pisma Świętego W 1903 roku pastor Johnson zapoznał się z broszurą Badaczy Pisma Świętego.