Po opuszczeniu Szwecji Houghton wyjechał do Grecji, gdzie krótko prowadził Ethnikos Pireus, po czym powrócił do Anglii, by prowadzić Bristol City. Z Bristolem spadł z drugiej do trzeciej ligi w 1981. W 1982 rozpoczął mało owocną wędrówkę po świecie i kolejno prowadził kanadyjski Toronto Blizzard, saudyjski Ittihad FC, szwedzki Örgryte IS i ponownie Malmö FF i Al-Ittihad, szwajcarski FC Zürich oraz amerykański Colorado Rapids.
W 1997 objął posadę selekcjonera reprezentacji Chin. Reprezentacje Państwa Środka prowadził do 1999. Odszedł po przegranych eliminacjach do Igrzysk Olimpijskich w Sydney. Pozostał jednak w Chinach i przez kolejne cztery lata prowadził tamtejsze kluby. W 2005 prowadził reprezentację Uzbekistanu, z którą przegrał eliminacje Mistrzostw Świata 2006 w barażu kontynentalnym z Bahrajnem. W 2005 prowadził chiński klub Changsha Ginde, z którym zajął 13-te, przedostatnie miejsce w Chinese Super League. Od 2006 Houghton jest selekcjonerem reprezentacji Indii. W 2007 roku przegrał po dwumeczu z Libanem eliminacje Mistrzostw Świata 2010. Mimo porażki w eliminacjach Houghton zachował stanowisko selekcjonera. W 2008 wygrał z reprezentacją Indii AFC Challenge Cup, co oznaczało wywalczenie awansu do Pucharu Azji, po 27-letniej przerwie.