Wskutek II rozbioru Polski w 1793, miejscowość przeszła pod władanie Prus i jak cała Wielkopolska znalazła się w zaborze pruskim. W okresie Wielkiego Księstwa Poznańskiego (1815–1848) miejscowość należała do wsi większych w ówczesnym pruskim powiecie Kröben (krobskim) w rejencji poznańskiej. Pudliszki należały do okręgu krobskiego tego powiatu i stanowiły siedzibę odrębnego majątku, którego właścicielem był wówczas (1846) Józef Łubieński. Według spisu urzędowego z 1837 roku wieś liczyła 255 mieszkańców, którzy zamieszkiwali 24 dymy (domostwa). W skład majątku Pudliszki wchodziły także: Karzec (24 domy, 195 osób), Kokoszki (13 domów, 176 osób), Kuczyna (15 domów, 178 osób) oraz Kuczynka (8 domów, 91 osób). W 1920 roku Stanisław Fenrych założył we wsi przedsiębiorstwo Pudliszki.
Na podstawie dekretu PKWN z 31 sierpnia 1944 zostały utworzone miejsca odosobnienia, więzienia i ośrodki pracy przymusowej dla „hitlerowskich zbrodniarzy oraz zdrajców narodu polskiego”. Obóz pracy nr 158 Ministerstwo Bezpieczeństwa Publicznego utworzyło w Pudliszkach.
W latach 1975–1998 miejscowość położona była w województwie leszczyńskim.
W miejscowości działało Państwowe Gospodarstwo Rolne Pudliszki.