Został przydzielony do komórki Oddziału V Komendy Głównej ZWZ-AK, zajmującej się sprawami odbioru zrzutów lotniczych (krypt. „Syrena”). Powierzono mu koordynację wszystkich spraw związanych z przyjmowaniem kolejnych grup cichociemnych. Po wypełnieniu swoich zadań miał objąć dowództwo ochrony Delegata Rządu na Kraj, ale zgodnie z własnym życzeniem 13 czerwca 1942 r. objął dowództwo II odcinka „Wachlarza” w Równem. Jednakże krótko po tym został aresztowany wraz z Janem Rogowskim ps. Czarka przez żandarmerię niemiecką w drodze na akcję w Zwiahlu. Po 4 miesiącach uciekł z więzienia w Zwiahlu i dotarł pieszo do Warszawy. Po krótkim odpoczynku i dojściu do zdrowia po przebytej czerwonce otrzymał funkcję inspektora i prowadził szkolenia z zakresu dywersji. W listopadzie 1942 r. Komendant Główny AK, gen. Stefan Rowecki ps. Grot wyznaczył go do zadania przeprowadzenia akcji odbicia 3 ludzi (kpt. Alfreda Paczkowskiego ps. Wania, komendanta III odcinka „Wachlarza”, Mariana Czarneckiego ps. Ryś i Piotra Downara ps. Azor) z więzienia w Pińsku. Po długich przygotowaniach akcja odbyła się 18 stycznia 1943 r. Uwolnieni oficerowie AK zostali przetransportowani do Warszawy. Za tę akcję J. Piwnik został odznaczony Orderem Virtuti Militari. Akcja pińska została uznana za wzorcową i na jej podstawie prowadzono szkolenia dywersji.