W 2000 roku klub został przekształcony z LZS na Klub Sportowy HEKO, zaś zmiany administracyjne spowodowały, że drużyna znalazła się w Świętokrzyskim Związku Piłki Nożnej. Piłkarze z Czermna rozpoczęli sezon w klasie okręgowej od zwycięstwa 1:0 ze Spartą Kazimierza Wielka. Kolejne mecze potwierdziły wysokie aspiracje klubu – wygrał on m.in. 5:0 z Bucovią Bukowa, 4:0 z Piastem Osiek, 7:0 z Piaskowianką Piaski i 4:0 z Partyzantem Wodzisław. Ostatecznie drużyna uplasowała się na drugim miejscu w tabeli, tracąc 12 punktów do Wiernej Małogoszcz. W bezpośrednich spotkaniach ze zwycięzcą rozgrywek HEKO zaprezentowało się jednak lepiej – w pojedynku rundy jesiennej przegrało co prawda 2:3, lecz wiosną zwyciężyło w domowym meczu 4:0.
Druga lokata zajęta przez HEKO dała czermnianom awans do IV ligi świętokrzyskiej. W niej drużyna zadebiutowała sierpniowym meczem z Czarnymi Połaniec, który zakończył się wygraną 3:0. Pod koniec kwietnia 2002 roku zespół odniósł najwyższe zwycięstwo w sezonie 2001/2002 – pokonał w Czermnie w obecności 400 widzów 7:0 Spartę Dwikozy. W całych rozgrywkach klub należał do czołówki, co potwierdziło zajęcie czwartego miejsca. W trakcie letniego okna transferowego drużyna została wzmocniona i w 2003 roku wywalczyła promocję do III ligi.