Czasy powojenne By zrealizować dawne młodzieńcze marzenie i powołanie, w dniu 2 lipca 1945 roku, przy wstawiennictwie skoligaconego z nim metropolity krakowskiego kard. Adama Sapiehy, Michał Żółtowski został przyjęty do Wyższego Seminarium Duchownego w Krakowie. W tym czasie nawiązał przyjaźń z młodym klerykiem, późniejszym kardynałem, Franciszkiem Macharskim. Jednak po dwóch latach, ze względu na szybko postępującą gruźlicę, lekarze zdecydowali, że musi opuścić Seminarium dla podratowania zdrowia. Przez pewien czas pracował w majątku rolnym w Kosyniu na Ziemi Warmińskiej, ale przejęcie gospodarstwa przez PGR zmusiło go do opuszczenia Kosynia. Dzięki pomocy przyjaciół podjął pracę w zakładzie wychowawczym księży salezjanów we Fromborku.
Zakład w Laskach Do Zakładu dla Niewidomych w Laskach przybył 31 stycznia 1950 roku. Po kilku miesiącach znów zapadł na gruźlicę i dopiero w 1953 roku podjął regularną pracę. W Laskach zetknął się z Henrykiem Ruszczycem, twórcą polskiej szkoły rehabilitacji zawodowej niewidomych. Przez krótki okres przebywał w Pieścidłach, gdzie prowadził gospodarstwo rolne Zakładu. Z powodu silnego nawrotu gruźlicy w 1958 roku na 15 miesięcy wyjechał do Szwajcarii dla poratowania zdrowia. Po powrocie do Lasek zajął się pracą wychowawczą, szkoleniem zawodowym niewidomych i życiem społecznym.