Wody mały|Rzeka Tarcoles uchodząca do Pacyfiku Obszar Kostaryki jest pokryty gęstą siecią rzek, co uwarunkowane jest dużymi opadami deszczu i rzeźbą terenu. Rzeki są krótkie, o średniej długości 100 km i pełne bystrzy, progów i wodospadów, często mających postać potoków i strumieni. Najdłuższą rzeką jest San Juan (graniczna z Nikaraguą), która ma 200 km długości. Kostaryka należy do zlewiska Oceanu Spokojnego i Morza Karaibskiego. Do Pacyfiku uchodzą Tempisque, Tarcoles i Parita, a do Morza Karaibskiego Reventazón i Pacuare. Rzeki wpadające do Morza Karaibskiego są dłuższe od tych co uchodzą do Oceanu Spokojnego. Na terytorium Kostaryki nie ma większych jezior, poza bagiennymi rozlewiskami i terenami zalewowymi w strefie wybrzeża.
Gleby Kostaryka należy do środkowoamerykańskiej krainy glebowej, a co za tym idzie na terenach nizinnych, gdzie występuje tropikalna roślinność – tereny pokrywają gleby wilgotnych lasów równikowych. Na nizinach są to czerwone gleby laterytowe, które także występują miejscami na terenach górzystych. Na obszarach wysoko położonych występują także czerwonoziemy i żółtoziemy.
thumb|290px|Las tropikalny
Fauna i flora