W dalszym rzędzie brano pod uwagę też kierowanie projektami badawczymi, nagrody oraz referaty na konferencjach międzynarodowych. Zgodność wymogów określonych w tym rozporządzeniu z normami ustawy, na podstawie której została wydana, budziła poważne wątpliwości przedstawicieli nauki prawa, w tym m.in. prof. Huberta Izdebskiego. Postępowanie habilitacyjne posiadało następujące newralgiczne fazy: wszczęcie postępowania habilitacyjnego w Centralnej Komisji do Spraw Stopni i Tytułów na wniosek osoby ubiegającej się o nadanie stopnia doktora habilitowanego, powołanie komisji habilitacyjnej przez Centralną Komisję do Spraw Stopni i Tytułów, w tym wybór jej czterech członków, łącznie z dwoma recenzentami oceniającymi, czy osiągnięcia naukowe wnioskodawcy spełniają kryteria ustawowe, wyznaczenie przez radę jednostki organizacyjnej wyznaczonej do przeprowadzenia postępowania habilitacyjnego trzech członków komisji habilitacyjnej, w tym jednego recenzenta oceniającego, czy osiągnięcia naukowe wnioskodawcy spełniają kryteria ustawowe, podjęcie przez komisję habilitacyjną uchwały zawierającej opinię w sprawie nadania lub odmowy nadania stopnia doktora habilitowanego, podjęcie przez radę jednostki organizacyjnej wyznaczonej do przeprowadzenia postępowania habilitacyjnego uchwały o nadaniu lub odmowie nadania stopnia doktora