II wojna światowa Podczas kampanii wrześniowej plutonowy podchorąży Malinowski walczył w szeregach Armii „Modlin” (8 Dywizja Piechoty (II RP)). Po kapitulacji Modlina, już jako podporucznik, dostał się do niemieckiego obozu w Królewcu, z którego wyszedł wiosną 1940 roku. Od 1941 roku był studentem medycyny Szkoły Zawodowej dla Pomocniczego Personelu Sanitarnego dr. Jana Zaorskiego w Warszawie.
Szare Szeregi Do Szarych Szeregów dostał się za sprawą kolegi ze Szkoły dr. Jana Zaorskiego, Kazimierza Łodzińskiego. Należał do Hufca Centrum, którego dowódcą był Tadeusz Zawadzki „Zośka”. 16 stycznia 1942 roku został zatrzymany przez niemiecki patrol i trafił na Pawiak, skąd wydostał się 10 lutego tego samego roku.
Akcje dywersyjne akcja pod Celestynowem akcja pod Sieczychami Akcja Wilanów (atak na posterunek żandarmerii niemieckiej, policji granatowej i „streifę” przy szosie powsińskiej oraz miejsce postoju lotników niemieckich w Wilanowie) akcja pod Szymanowem (wykolejenie pociągu pospiesznego, przewożącego niemieckich żołnierzy)
Śmierć Podczas przewożenia broni, samochód, którym jechał wraz z kolegą, został zatrzymany przez niemiecki patrol. Obaj mężczyźni rzucili się do ucieczki, lecz tylko szoferowi udało się zbiec. Andrzej Malinowski, trafiony w nogi, próbował się czołgać.