We wrześniu 2008 Herrera zastąpił José Luisa Trejo na stanowisku trenera klubu Tecos UAG, którego barwy reprezentował już jako piłkarz. W 2010 roku zajął z nim drugie miejsce w rozgrywkach InterLigi, dzięki czemu jego drużyna zakwalifikowała się do Copa Libertadores. Tam Tecos odpadli jednak już w rundzie wstępnej i nie zdołali awansować nawet do fazy grupowej. Przez cały 2011 rok po raz drugi był trenerem Atlante FC, tym razem mającego już siedzibę w mieście Cancún, lecz nie odniósł z nim żadnego sukcesu. W listopadzie 2011 został nowym szkoleniowcem jednego z najpopularniejszych i najbardziej utytułowanych zespołów w Meksyku, stołecznego Club América, który pod jego przewodnictwem szybko dołączył do grona czołowych drużyn w lidze. W wiosennym sezonie Clausura 2013 wywalczył z Américą tytuł mistrza Meksyku, rekordowy, jedenasty w historii klubu, a pierwszy w swojej karierze trenerskiej.