Wraz z upływem czasu stan kościoła pogarszał się. Już w 1834 ze względu na pojawiające się pęknięcia, ściany kościoła zostały wzmocnione stalowymi pasami, mającymi powstrzymać dalsze uszkodzenia. Również kasata zakonu bożogrobców z Przeworska sprawiła, że zakonnicy nie liczyli się już z przedłużaniem swojej obecności w parafii i nie planowali żadnych remontów. Obejmując w 1870 parafię, ks. Karol Pawłowski zastał świątynię w bardzo złym stanie. Zaniedbania widoczne były zarówno na zewnątrz, jak i wewnątrz budynku.
Z pomocą nowych właścicieli Urzejowic - Hermana i Genowefy Turnauów - ks. Pawłowski rozpoczął prace remontowe. Zakupiono nowe organy, przebudowano chór, w miejscu starej dzwonnicy wzniesiono nową. We wnętrzu kościoła dokonano licznych prac remontowych i restauracyjnych - odnowiono ołtarz główny, mocno wtedy zniszczony obraz św. Mikołaja oraz zabytkową ambonę i chrzcielnicę, które zostały przeniesione z poprzedniej świątyni. Cały kościół pomalowano.
Pod koniec XIX w. stan świątyni i jej wielkość nie odpowiadały aktualnym potrzebom parafian. Ks. Karol Pawłowski stanął przed trudnym zadaniem rozbudowy kościoła lub budowy od podstaw nowego.