Według językoznawców dawna nazwa miejscowości „Kobylin” pochodzi od nazwy osobowej „kobyła” oznaczającej w języku staropolskim „klacz”, samicę konia domowego z dodaniem sufiksu „-ino”, wtórnie „-in”. W XVI-XVII wieku oraz w zapisach gwarowych w gwarze poznańskiej w nazwie wystąpiło przejście „-yl” w „-el”. W zapisie z 1620 „Kobelino” pojawiła się południowowielkopolska postać dialektalna „Kobelin” odbijająca wymowę typu „drabinia, pierzynia”. W XIII wiecznym zapisie występuje także nazwa oboczna „Venetia” czyli „Wenecja”.
Po rozbiorach Polski Prusacy używali zgermanizowanych form polskiej nazwy. Używana była także polska nazwa. W 1846 miejscowość odnotowano jako „Kobylin miasto i Stary Kobylin folwark”, w 1883 nazwy „Kobylin miasto, Kobylin Stary” oraz niemiecką „Alt Kobylin”. Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości odnotowano w 1921 polską nazwę „Kobylin, Stary Kobylin” oraz niemiecką „Alt Kobylin”.
Po wybuchu II wojny światowej w czasie niemieckiej okupacji ziem polskich nazistowska administracja III Rzeszy wprowadziła nową, urzędową niemiecką nazwę „Koppelstadt”