Marker genetyczny – charakterystyczna właściwość organizmu wykorzystywana do określenia jego genotypu. Zwykle jest to obecność lub brak jakiegoś genu lub białka, albo występowanie jakiejś szczególnej jego postaci. Markery genetyczne znajdują też zastosowanie do identyfikowania osób lub osobników zwierząt czy roślin, identyfikowania gatunków i szczepów drobnoustrojów oraz do określania wzajemnego położenia poszczególnych genów w genomie jakiegoś organizmu (mapowania genomu).
Markery morfologiczne Są to cechy zewnętrzne, będące wynikiem ekspresji genów.
Minusy markerów morfologicznych ograniczona liczba markerów niski polimorfizm wpływ epistazy interakcje genotypowo środowiskowe negatywny wpływ mutacji
Markery molekularne Markery bezpośrednio oparte na właściwościach kwasów nukleinowych bywają nazywane markerami molekularnymi.
Markery molekularne powszechnie wykorzystuje się między innymi do: ustalania ojcostwa, w kryminalistyce (do identyfikacji zwłok lub poszukiwania przestępców na podstawie mikrośladów), w badaniach mających na celu wykrycie genów zmutowanych w określonych jednostkach chorobowych, tworzenia map genetycznych, wskazujących wzajemne ułożenie różnych genów w chromosomach.