Decyzją rektora UŁ, Katedra Archeologii i Zakład Prahistorii połączone zostały w 1996 roku w jedną jednostkę jako Instytut Archeologii Uniwersytetu Łódzkiego, którego dyrektorem do 2008 roku był prof. Leszek Kajzer. W latach 2008–2016 funkcję tę sprawowała prof. Lucyna Domańska. Od 1 października 2014 r. instytut składa się dwóch katedr: Katedry Prahistorii oraz Katedry Archeologii Historycznej i Bronioznawstwa oraz Zespołu Technicznego.
Od 1 października 2016 r. siedziba Instytutu znajduje się w byłym budynku Rektoratu Uniwersytetu Łódzkiego - przy ul. G. Narutowicza 65. Jednocześnie nastąpiły zmiany we władzach jednostki. Funkcję dyrektora objął dr hab. Seweryn Rzepecki, zaś zastępcą dyrektora został dr Olgierd Ławrynowicz. Od 1 października 2017 r. dyrektorem Instytutu jest dr hab. Anna Marciniak-Kajzer.
Struktura organizacyjna Instytut Archeologii złożony jest z dwóch katedr oraz jednego zespołu naukowo-badawczego, który składa się z dwóch pracowni oraz jednej stacji:
Katedra Prahistorii Samodzielni pracownicy naukowi: dr hab. Marek Olędzki - kierownik Katedry prof. dr hab. Lucyna Domańska dr hab. Radosław Janiak dr hab. Jan Schuster prof. dr hab. Magdalena Mączyńska (profesor emerytowana) dr hab.