Pod koniec 1937 roku nastąpiła zmiana nazwy miasta z Nowego Dworu na Nowy Dwór Mazowiecki. thumb|Obelisk ku czci ofiar II wojny światowej W czasie II wojny światowej w dniach 13 września – 29 września 1939 roku trwała obrona twierdzy w kampanii wrześniowej pod dowództwem gen. Wiktora Thommée, po jej upadku została zajęta przez Wehrmacht. Sam Nowy Dwór mocno ucierpiał i został przemianowany na Neuhof, a od 1942 roku na Bugmünde (gdy zmieniono nazwy ulic na niemieckie). Od maja 1940 do 12 grudnia 1942 roku istniało tu żydowskie getto. Znajdowało się w najbiedniejszej części miasta, na tzw. Piaskach, w kwadracie ulic (według stanu z początku XXI wieku): Okrzei do kina w prostej linii ul. Nałęcza – tory kolejowe – ogrody działkowe. Mieszkańców getta Niemcy wywozili do obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau. Ostatni taki transport nastąpił 12 grudnia 1942 roku i znalazło się w nim ok. 2000 osób. Część mieszkańców pochodzenia żydowskiego deportowano do getta w Legionowie.
W czasie okupacji w mieście istniały 4 szubienice wybudowane przez Niemców. W 1944 roku istniał tu obóz pracy przymusowej. 15 stycznia 1945 roku o godzinie 17.20 do miasta wkroczyły oddziały Armii Czerwonej.