Budynek zbudowano w okresie caratu (zaboru rosyjskiego) w 1890 dla miejscowego sądu gubernialnego. Podczas I wojny światowej zajmowała go administracja niemiecka. Po ogłoszeniu niepodległości Litwy służył jako centrum poboru do nowo powstałego wojska litewskiego i siedziba dowódcy garnizonu wileńskiego. Następnie miasto na krótko przejęli bolszewicy, a budynek był siedzibą ich dowództwa i trybunału rewolucyjnego (sądu). W 1920 Wilno powróciło w granice Polski – w budynku mieścił sąd wojewódzki. Po anektowaniu polskich ziem wschodnich we wrześniu 1939 i utworzeniu Litewskiej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej w 1940 nastąpiły masowe aresztowania i deportacje, a piwnica budynku stała się więzieniem. W 1941 po napaści Niemiec umieszczono tam siedzibę Gestapo. Na ścianach cel pozostały napisy z tego okresu. Rosjanie ponownie zajęli Wilno w 1944 i od tej pory aż do odzyskania niepodległości przez Litwę w 1991 budynek był wykorzystywany przez NKWD/KGB jako siedziba, areszt i miejsce przesłuchań. W piwnicy w latach 1944-1960 zostało straconych ponad 1000 więźniów, w tym około 1/3 za udział w walce zbrojnej z ZSRR. Większość ciał pochowano w parku dworu w Tuskulanach (Tuskulėnų dvaras), który po odbudowie został przeznaczony na oddział Muzeum Ofiar Ludobójstwa.