Po zebraniu opinii i uwag oraz jeżeli zamierza on kontynuować wdrożenie projektu, RFF przedstawia ministrowi transportu propozycję zamknięcia wraz z uzasadnieniem i otrzymanymi opiniami oraz bilansem zebranych uwag. Minister transportu ma następnie dwa miesiące, aby umożliwić zamknięcie albo, jeśli to konieczne, w celu zachowania możliwości dalszego rozwoju systemu transportu zażądać dalszego utrzymywania torów lub całości albo części dóbr będących częściami składowymi linii lub odcinka linii. Brak odpowiedzi ministra traktuje się jako milczącą zgodę. Decyzja o zamknięciu jest publikowana w zbiorze aktów administracyjnych prefektury, na której terytorium znajduje się linia lub właściwy odcinek. Linie lub odcinki linii zamkniętych nie są już częścią krajowej sieci kolejowej i nie mogą mieć do nich dostępu przewoźnicy. Jednak RFF może zezwolić wyjątkowo na ruch na takiej linii lub odcinku linii, a także udostępniać taką infrastrukturę osobom trzecim. Koszty ponoszone bezpośrednio w wyniku przejazdu ponosi beneficjent. Zezwolenie ministra transportu na zamknięcie linii lub odcinka linii stanowi również zezwolenie na likwidację majątku będącego częścią infrastruktury z wyjątkiem części, wobec której zdecydowano o dalszym utrzymaniu. RFF może przystąpić do likwidacji w ciągu pięciu lat od zezwolenia.