Po śmierci biskupa Rossano chciano go wybrać do pełnienia tej godności, lecz się nie zgodził, mówiąc, że złożył ślub, iż nie będzie przyjmował żadnych godności kościelnych. Taką samą propozycję z podobnym skutkiem złożyli mu mieszkańcy Kapui w 981 r. po śmierci ich biskupa. Święty Nil znalazł się w Kapui po ponownych najazdach Saracenów na Włochy w 978 r.
Z Kapui wybrał się do Monte Cassino, aby przyjrzeć się życiu benedyktynów. Benedyktyni przywitali go z szacunkiem i ofiarowali mu mały klasztor w Vellelucio tu na przełomie 987/988 roku, zawitał w niego Wojciech z Pragi (późniejszy święty Wojciech), który – opuściwszy swoją stolicę biskupią – wędrował do Ziemi Świętej. Nil dziwił się jego entuzjazmowi pielgrzymiemu, tłumacząc i cytując świętego Hieronima: Nie to, że się było w Jerozolimie, lecz to, że się w Jerozolimie cnotliwie żyło jest chwalebne i zbawienne. Za jego radami Wojciech poprzestał pielgrzymowania, wrócił do Rzymu i wyruszył w misję do Bolesława Chrobrego.
Nil założył drugie opactwo w Serperii koło Gaety skąd udał się do papieża Grzegorza V chcąc oddać mu hołd oraz prosić o złagodzenie kary dla antypapieża Jana XVI wcześniej mnicha z Rossano. Po powrocie z Rzymu spotkał się tu z cesarzem Ottonem III.