6 maja 2016 roku Ralph Hasenhüttl został ogłoszony nowym trenerem.
Bundesliga
2016/17 Lipsk został pierwszym klubem z byłego NRD, który zagra w najwyższej klasie rozgrywkowej Niemiec od sezonu 2008/09, w którym Energie Cottbus spadło z ligi. W swoim pierwszym sezonie klub pobił rekord najdłuższej serii bez porażki beniaminka Bundesligi, będąc niepokonanym przez 13 pierwszych meczów sezonu.
W sezonie do klubu dołączyli m.in. Naby Keïta, Oliver Burke, Timo Werner, Bernardo i Dayot Upamecano. W sumie wydali 70 milionów euro na nowych graczy.
Po zakończeniu jedenastej kolejki byli oni także liderami ligi, to pierwszy raz, gdy klub ze wschodnich Niemiec był na tej pozycji od sezonu 1991/1992, kiedy Hansa Rostock prowadziła przez 3 kolejki. Stali się również pierwszą drużyną w zjednoczonych Niemczech, której udało się awansować do europejskich pucharów w debiutanckim sezonie i pierwszym ze wschodu po 1. FC Union Berlin w 2001 roku. Lipsk zapewnił sobie awans do Ligi Mistrzów, a debiutancki sezon zakończyli na drugim miejscu, za Bayernem.