Historia mały|lewo|Zespół klasztorny bonifratrów Początki kościoła wiążą się z postacią Fryderyka Wilhelma von Rödera (1718–1781), podpułkownika stacjonującego w Prudniku pułku kirasjerów. Został on ciężko ranny kartaczem w czasie wojny siedmioletniej w bitwie pod Świebodzicami i szukał pomocy w Lądku-Zdroju. Dowiedział się wówczas o bracie Martinim Probusie, należącego do wrocławskiej wspólnoty Braci Miłosierdzia. Miał on uleczyć ciężko chorego syna zamożnego prudnickiego mieszczanina Weidingera. Pomógł on również von Röderowi, który w podziękowaniu za uleczenie podjął starania o utworzenie w Prudniku bonifraterskiego szpitala, gdzie na opiekę mogłaby liczyć okoliczna ludność.
Król Fryderyk II Wielki w 1764 wydał zezwolenie na założenie klasztoru bonifratrów w Prudniku. Pułkownik von Röder zakupił ziemię, na której do 1766 zakonnik założył szpitalik z kaplicą i aptekę. W 1769 plan powstania kościoła i klasztoru został opracowany przez architekta Michała Klemensa z Karniowa. Klasztor wraz ze szpitalem powstał w latach 1782–1783, natomiast w latach 1785–1787 wzniesiono kościół. Budowę nadzorował mistrz murarski Piotr Paweł Ertel z Wrocławia. W 1793 roku do świątyni dobudowano barokową wieżę, na którą zużyto 60.000 cegieł.