Lekarzom nie udało się usunąć tkwiącej w jego głowie kuli.
W dniach 11-12 lipca 1996 w moskiewskich trolejbusach i metrze zdetonowano trzy ładunki wybuchowe. Do zorganizowania zamachów przyznał się Radujew. Kiedy powrócił do Czeczenii, jego zdeformowaną wskutek ran twarz zasłaniały ciemne okulary i gęsty zarostS. Smith, Allah's mountains: the battle for Chechnya, Tauris Parke Paperbacks 2006, s.236. Mając rangę generała, sprzeciwiał się działaniom ówczesnego prezydenta Czeczenii, Zelimchana Jandarbijewa, będąc zarazem przeciwnikiem zawartego z Rosją rozejmu. Twierdził także, że wiadomości o śmierci Dżochara Dudajewa są nieprawdziwe, a sam uznawał się za jego przedstawiciela.
Coraz bardziej ekscentryczny w swoich działaniach Radujew, głoszący ideę wojny bez zasad z Rosją stawał się coraz większym zagrożeniem dla przywódców czeczeńskich. Asłan Maschadow, który objął urząd prezydenta w 1997 zdegradował Radujewa do stopnia szeregowca i uważał za psychicznie chorego. Obciążano go odpowiedzialnością za serię zamachów w Rosji, ale także o próbę obalenia Maschadowa. 21 czerwca 1998 Radujew zajął budynek stacji telewizyjnej w Groznym, co uznano za próbę zamachu stanu. Cztery dni później prezydent Maschadow wprowadził stan wyjątkowy.